Eldre historie
Den eldste kjente befolkning i det området som i dag er Kroatia, var illyrerne, fra 1200 f.Kr., som senere blandet seg med kelterne. Grekerne opprettet kolonier langs Dalmatia-kysten fra 700-tallet og romerne fra 400-tallet f.Kr. Adriaterhavskysten utgjorde romernes Illyriske provins, senere provinsen Dalmatia, mens provinsen Pannonia omfattet det indre av landet ved Sava og Donau. Vitnesbyrd om romersk kultur er amfiteatret i Pula, Diokletians palass i Split og forum i Zadar.
Ca. 600 e.Kr. innvandret slaviske og avariske stammer. Det antas at kroatene kan ha vært en iransk stamme (navnet er ikke slavisk) som la under seg slaverne og gikk opp i dem. Etter hvert gikk den tidligere romanske befolkningen langs Adriaterhavet gradvis opp i den slaviske (som den romanske byen Ragusa, som ble den slaviske Dubrovnik).
Kroatene ble kristnet fra vest på 800-tallet. Den kroatiske fyrsten Trpimir grunnla i 845 en kroatisk stat og et dynasti som styrte i 250 år. Fyrst Branimir (879–892), med tittelen Dux Croatorum, opprettet et bispesete i byen Nin ved Zadar ved Adriaterhavet. Fyrst Tomislav (910–928) utvidet riket til Slavonia, Istra og Dalmatia, og tok i 924 tittelen konge. Riket ble svekket gjennom kamper med Venezia, men opplevde et nytt høydepunkt under kong Petar Krešimir 4 (1058–74). I 1091 døde dynastiet Trpimirović ut, og i 1102 ble Kroatia beseiret av den ungarske kongen Koloman.
Ungarsk herredømme, 1102–1918
Personalunionen med Ungarn, Pacta Conventa, betydde i realiteten at Kroatia i de neste 800 årene var underlagt ungarsk overhøyhet (inntil 1918). Kroatia beholdt midlertid sin politiske identitet. «Kongeriket Kroatia, Slavonia, Dalmatia» (Regnum tripartium) hadde en stattholder, ban, som overhode. Makten lå hos de store føydalherrene, som ledet riksdagen, Sabor, og som også var representert i den ungarske riksdagen. Fra 1200-tallet kom Dalmatia under venetiansk herredømme. Under renessansen oppstod en blomstrende kroatisk kultur, påvirket av den italienske, i Dalmatia (byer som Zadar, Šibenik, Split, Hvar) og Dubrovnik, som bestod som en egen byrepublikk.
Skipsfart og handel gjorde Dubrovnik til en rik by hvor kulturen blomstret på 1400–1600-tallet. Fra midten av 1400-tallet, da Bosnia kom under tyrkisk herredømme, stod Kroatia imot tyrkiske angrep, til det ungarske nederlaget ved Mohács i 1526. I 150 år var deler av Kroatia-Slavonia under tyrkisk herredømme, sammen med Ungarn. Resten av Kroatia, Zagreb-området, kom samme år, 1526, under det habsburgske riket, da adelen valgte den habsburgske Ferdinand 1 til konge.
I 1578 ble «Militærgrensen» opprettet som en østerriksk buffersone mot tyrkerne, og mange serbiske flyktninger bosatte seg her som grensesoldater (det senere Krajina). Tyrkerne ble fordrevet fra de kroatiske områdene ved freden i Karlowitz i 1699, og i over 200 år var hele Kroatia-Slavonia en del av det habsburgske riket. Dalmatia var under Venezia til 1797, deretter en del av Napoleons Illyriske provinser, og fra 1815 under Østerrike.
På begynnelsen av 1800-tallet vokste motstanden mot Ungarns påtrykk og Kroatias underlegne stilling innenfor habsburgermonarkiet. Den nasjonale bevegelsen («den illyriske bevegelsen», 1830–48) skapte et felles kroatisk skriftspråk. Den illyriske bevegelsen var både en kroatisk nasjonal bevegelse og sørslavisk (panslavisk) orientert. Revolusjonsåret 1848 betydde slutten på denne virksomheten. Kroatias ban (stattholder) Josip Jelačić hjalp keiseren med å slå ned de revolusjonære ungarerne, men Kroatia fikk ingen autonomi.
Kroatia ble et østerriksk kronland, og perioden 1849–60 var preget av en reaksjonær østerriksk politikk. Etter 1860 begynte parlamentet, Sabor, å fungere igjen. En talsmann for Det nasjonale partiet, som ønsket kroatisk autonomi i union med Ungarn, var biskop Strossmayer, som forfektet den jugoslaviske (sørslaviske) ideen og opprettet et vitenskapsakademi i Zagreb i 1866 under navnet Det jugoslaviske vitenskapsakademi. En mer kroatisk nasjonalistisk retning var representert ved Ante Starčević og Eugen Kvarternik, lederne for Rettspartiet, som ønsket territoriell samling og autonomi for Kroatia og gikk imot serbiske ekspansjonsplaner.
Etter at dobbeltmonarkiet Østerrike-Ungarn ble opprettet i 1867, inngikk Ungarn og Kroatia en lignende avtale (nagodba) i 1868. Men i realiteten var Kroatias autonomi svært begrenset, kroatenes innflytelse i budsjett- og skattespørsmål var minimal. Under ban Ivan Mažuranić (1873–80) ble likevel kroatisk kultur styrket. Etter Østerrike-Ungarns okkupasjon av Bosnia-Hercegovina i 1878 ønsket kroatene en samling av de sørslaviske områdene innenfor keieserriket, som en motvekt mot ungarsk innflytelse, men keiseren avslo, og den antiøsterrikske stemningen vokste.
Mot slutten av 1800-tallet, under styret til den ungarske stattholderen i Kroatia, Khuen-Hedervary (1883–1903), ble det ungarske påtrykket sterkere. Etter antiungarske opptøyer i 1903 (og regimeskifte i Serbia samme år) fikk tanken på et samarbeid med serberne større tilslutning. I 1906 vant den kroatisk-serbiske koalisjonen valget og satt ved makten til 1918. Samarbeid med Serbia ble sett på som en motvekt mot Ungarn og Østerrike. Kroatiske eksilpolitikere, bl.a. Ante Trumbić og Frano Supilo, var aktive under den første verdenskrig i Den jugoslaviske komiteen, som gikk inn for en felles sørslavisk stat etter krigen. Mot slutten av krigen gjorde kroatisk frykt for italiensk ekspansjon denne tanken mer aktuell.
Kroatia i Jugoslavia, 1918–92
29. oktober 1918 brøt det kroatiske parlamentet med Østerrike-Ungarn, erklærte Kroatia for selvstendig og overførte sin myndighet til Nasjonalrådet, en sammenslutning av sydslavere i den habsburgske Riksdagen. I november bestemte Nasjonalrådet å gå sammen med Serbia i en ny stat. Kongeriket av serbere, kroater og slovenere ble proklamert 1. desember 1918, se Jugoslavia (historie).
Sammenslåingen ble imøtegått av den betydeligste kroatiske politiker i mellomkrigstiden, Stjepan Radić, som i 1904 hadde dannet Det kroatiske bondepartiet, sammen med sin bror Antun. Snart ble mange kroater skuffet over den nye staten, som ble sterkt sentralisert og dominert av serberne. Det kroatiske parlamentet, Sabor, ble opphevet. Deler av det kroatiskbefolkede territoriet var underlagt Italia (Istra, byene Rijeka og Zadar samt flere øyer i Adriaterhavet).
Stjepan Radić kom i sterk opposisjon til regimet i Beograd, og 20. juni 1918 ble han og to andre kroatiske parlamentsmedlemmer skutt ned i parlamentet i Beograd, og Radić døde vel en måned senere. Attentatet mot Radić, den mest populære politiker i Kroatia, førte til at kong Aleksander innførte diktatur i 1929. Den kroatiske eksilorganisasjonen Ustasja var innblandet i mordet på kong Aleksander i Marseilles i 1934. Under tronregent prins Paul ble regimet lettere, og i 1939 inngikk Vladko Maček, leder for Det kroatiske bondepartiet, og statsminister Cvetković et kompromiss om utstrakt autonomi for Kroatia innenfor Jugoslavia. Det såkalte banovina Kroatia omfattet Kroatia og deler av Bosnia-Hercegovina. Utbruddet av den annen verdenskrig gjorde imidlertid at denne løsningen ikke fikk lang levetid.
Etter Tyskland og Italias erobring av Jugoslavia i april 1941, ble «Den uavhengige staten Kroatia» proklamert, med Ustasja-lederen Ante Pavelić som fører. Ustasja-regimet gjennomførte en brutal «etnisk rensing» av den serbiske befolkningen, særlig i Bosnia, og over 300 000 serbere mistet livet i den kroatiske fasciststaten. Beryktet var konsentrasjonsleiren Jasenovac. Men også motstanden mot fascismen var betydelig i Kroatia, og i 1943 ble Kroatias antifascistiske frigjøringsråd dannet.
I 1945 ble Kroatia en av de seks delrepublikkene i Titos kommunistiske forbundsstat. Mange kroatiske soldater og sivile, fanger i Slovenia og Østerrike, ble drept av Titos partisaner like etter frigjøringen. Erkebiskopen i Zagreb, Alojzije Stepinac, ble i 1946 dømt til 16 års fengsel, anklaget for samarbeid med Ustasja-regimet. Av kroatene ble dette sett på som et antikroatisk trekk av Tito, som selv var kroat, men som avsatte og likviderte den kroatiske kommunistlederen Andrija Hebrang i 1948–49.
I etterkrigstiden opplevde Kroatia, som fra gammelt av tilhørte den rikere delen av Jugoslavia, en økonomisk utbygging, bl.a. av turismen ved Adriaterhavet, som skaffet Jugoslavia 50 % av valutainntektene. Men mange kroater mente at for mye av overskuddet forsvant ut av republikken, selv etter at Jugoslavia ble sterkt desentralisert i 1960- og 1970-årene. Mange kroater måtte dra til utlandet, særlig Tyskland, som fremmedarbeidere.
I 1970-årene oppstod blant intellektuelle en kroatisk nasjonal bevegelse, som i 1970–71 fikk bred folkelig oppslutning, og støtte av den liberale partiledelsen i Kroatia. Etter studentdemonstrasjoner i Zagreb ble «den kroatiske våren» (eller «massebevegelsen») slått ned av Tito i desember 1971, og det fulgte omfattende utrenskninger. Fra 1972 til 1990 hersket et dogmatisk kommunistparti i Kroatia.