Mysen er et tettsted i Indre Østfold kommune i Viken. Tettstedet er ifølge SSBs definisjon 4,7 km², og har 6729 innbyggere (2020).
Mysen har industri, både i tettstedet og ikke minst i Hærland ved E18 øst for dette, særlig næringsmiddelindustri (meieri, slakteri, mølle, kornsilo), grafisk industri og verkstedindustri. Grustak med betongvareindustri finnes ved Mona (se Monaryggen), en større sand- og grusavsetning like nord for tettstedet.
E18 (Oslo-Ørje-Stockholm) går gjennom nordre del av tettstedet og krysses av riksveg 22 Lillestrøm-Halden. Østfoldbanens østre linje har stasjon i Mysen med endestasjon for de fleste av avgangene på lokaltogforbindelsen til Oslo. Ellers går det fylkesveier fra Mysen nordover til Rødenes i Marker (fylkesvei 123), og på østsiden av Glomma sørover via Eidsberg kirke til Rakkestad (fylkesvei 105). Mysen er et viktig knutepunkt for buss- og togforbindelsene i indre Østfold.
I Mysen ligger Heggen og Frøland tingrett og Mysen videregående skole. Like utenfor tettstedet ligger Edwin Ruuds hospital med sykehjem og rehabiliteringsavdeling for Sykehuset Østfold.
Eidsberg bygdemuseum ligger på Folkenborg sørvest for sentrum. Her ble Håkon Håkonsson født 1204. Momarken i den nordlige del av Mysen tettsted er en gammel markedsplass, hvor det årlige Momarkedet ble arrangert av Mysen og omegn Røde Kors fra 1950 til 2012. Her ligger også Momarken travbane.
Eidsberg kommune vedtok «bystatus» for Mysen i 1997.
