Rundt 75 prosent av Kambodsja var dekket av skog inntil midten av 1900-tallet, men ukontrollert tømmerhogst har gjort at skogsarealet har blitt kraftig redusert. I det sentrale slettelandet, som også er det viktigste jordbruksdistriktet, vokser savanne der gresset når en høyde på over 2 meter. I det østre høylandet dominerer løvfellende skog og gress-sletter.
I de nordlige fjellområdene vokser eviggrønn løvskog, med trær som kan bli 30-40 meter høye og en frodig bunnvegetasjon av lianer, palmer, bambus, busker og urter. I det sørvestre høylandet vokser glissen furuskog på de høyeste fjellene, mens tett regnskog kler åssidene. Langs kysten er det tropisk regnskog og mangroveskog, som til dels er ugjennomtrengelig.
