Molekyl er en samling av atomer hvor alle atomene er bundet sammen til en elektrisk nøytral enhet og alle atomenes bindinger er brukt. En molekylforbindelse er et stoff som består av molekyler.
Har samlingen av atomer en elektrisk ladning kalles samlingen et ion. Stoffer som er bygget av ioner kalles salter. Er noen av bindingene ikke tatt i bruk kalles samlingen et radikal.
Eksempler på molekyler
Oksygenmolekylet består av to like atomer av grunnstoffet oksygen, det gir molekylformel O2. Ozonmolekylet består av tre oksygenatomer, O3. Vanndamp, vann og is består alle av vannmolekyler med to atomer av hydrogen og ett atom av oksygen, H2O. Eddiksyre består av grunnstoffene karbon, hydrogen og oksygen, og har molekylformel CH3COOH. Formen på eddiksyremolekylet er vist i figuren.
Store og små molekyler
Størrelsen på molekyler varierer fra molekyler som består av to atomer til proteiner og andre makromolekyler som består av flere tusen atomer.
I dag er strukturen (formen) til svært mange molekyler kjent i detalj. Se forbindelser og isomeri.