Munkholmen er en liten øy på 13 daa i Trondheimsfjorden. Øya ligger rett rett utenfor Trondheim, i siktelinjen mellom Nidarosdomens og fjellet Munken på andre siden av fjorden.
I vikingtiden lå det et rettersted her, og Håkon jarls og trellen Karks hoder ble plassert på staker her 995. Engelske kilder forteller at Knud den store opprettet et kloster på Munkholmen ca. 1028, men norske og islandske kilder nevner Magnus Berrføtts lendmann Sigurd Ullstreng som grunnlegger av Holm (el. Nidarholm) kloster på begynnelsen av 1100-tallet. Dette klosteret tilhørte Cluniacenserordenen og var viet St. Benedikt og St. Laurentius. Magnus Blinde satt her 1135–37 og ble også viet til munk ved klosteret. Klosteranlegget ble herjet av brann 1210, 1317 og 1531. Det ble foretatt arkeologiske undersøkelser av klosterruinene 1969–70, men restene er nå dekket til igjen.
I 1537 hadde en del av erkebiskop Olav Engelbrektssons folk tilhold på Munkholmen, men måtte overgi seg. Klostergodset kom etter reformasjonen under kongsgården i Trondheim. Etter den svenske beleiringen av Trondheim i 1658 og gjenerobringen i 1659 ble det oppført en festning på Munkholmen. Det står betydelige deler igjen av dette anlegget, som i hovedsak stod ferdig 1707. Festningsverkene ble ombygd 1825–50. Munkholmen var bemannet og bestykket så sent som under den annen verdenskrig, da tyskerne hadde kanonstillinger her.
Munkholmen ble på 1600- og 1700-tallet brukt som statsfengsel, især for politiske forbrytere. Griffenfeld satt her 1680–98. 1797 ble det oppført en fyrlykt på holmen. Nå er Munkholmen et populært utfarts- og badested, med fast båtforbindelse fra byen (Ravnkloa) om sommeren. Øya er fredet.
