Ämnet förekommer på ett område som är flera kvadratkilometer stort. Geggan har stigit upp till ytan genom sprickor i isen.
Finska vikens sjöbevakning fick under dagen en anmälan via larmcentralen om ett eventuellt oljeläckage i området.
Sjöbevakningen har samlat in flera prover av ämnet och de har lämnats in för laboratorietester.
– Det är inte sagt att det handlar om olja. Det kan vara något biologiskt eller algbaserat, säger sjöbevakningens fältdirektör Eero Söder till Yle.
Helsingfors stads räddningstjänst uppmanar folk att undvika att bada i havsvattnet vid Marudd, Tammelund och Havsrastböle.
Yle har tagit emot rapporter om liknande iakttagelser på isytan i vattendrag också på andra håll i Finland. Det är ändå oklart om de observationerna har något samband med det mörka ämne som upptäckts i Helsingfors.