Det finns ingen orsak till oro eftersom man inte hittat några spår av viruset hos paret, rapporterar tyska medier.
En kvinna och en man placerades i isolering efter att de fått influensaliknande symtom ombord på ett tåg som var på väg till Hamburg.
Den 26-åriga mannen slog larm om sina symtom under tågresans gång.
Delar av Hamburgs centralstation spärrades av på onsdagen och viruslarmet fick stor uppmärksamhet.
Mannen och kvinnan som blev sjuka hade just återvänt från Rwanda där marburgviruset förekommer. De hade vårdat en person som senare testat positivt för det ytterst dödliga marburgviruset.
Sjukdomen har en dödlighet på upp till 88 procent.
Elva döda i Rwanda under det pågående utbrottet
Myndigheterna i Rwanda meddelade i tisdags att dödssiffran från marburgutbrottet hade stigit till elva. Sedan utbrottet, som började den 27 september, har man bekräftat ungefär 30 sjukdomsfall.
De flesta av de smittade har arbetat inom hälsovården, uppger rwandiska hälsomyndigheter.
Marburg hör till den så kallade filovirusfamiljen som också omfattar ebola. Sjukdomen har orsakat förödelse vid flera tidigare utbrott i länder i Afrika.
Symptomen på sjukdom är bland annat hög feber och svår huvudvärk följt av blödningar och organsvikt. Symptom utvecklas vanligtvis inom sju dagar efter infektion, enligt WHO.
Marburgviruset överförs till människor av fladdermöss. Mellan människor sprids viruset via kontakt med kroppsvätskor hos smittade.
Det finns inte vaccin eller medicin mot viruset. Olika behandlingsmetoder och tidiga vaccinförsök utvärderas för närvarande.
Källor: AFP, Reuters
