Merkels bayerska bundsförvanter Christlich-Soziale Union in Bayern (CSU) hotar sätta sig på tvären när det gäller flyktingpolitiken.
Det är inte första gången Horst Seehofer och hans CSU vill göra om den förda politiken.
De två allierade partierna, bägge från Bayern, bägge med en konservativ kristen värdegrund men med olika syn på flyktingpolitik står inför ett vägskäl.
Seehofer vill gå in för att avvisa flyktingar vid tyska gränsen, något som Merkel inte är överens om. Generellt har CSU haft en mer negativ inställning till flyktingar och den flyktingpolitik som förs i Tyskland.
En simulerad panik uppkom på fredagseftermiddagen efter rykten om att CSU och Merkels Christlich Demokratische Union Deutschlands (CDU) skulle splittras.
Detta visade sig dock endast vara ett rykte, men något som skulle fått långtgående konsekvenser för delstatsvalet i Bayern i höst.
Seehofer har tidigare motsatt sig Merkels flyktingpolitik i offentligheten senast 2015. Hans aktuella utspel auktoriseras ytterligare av hans roll som inrikesminister.
I denna kapacitet har Seehofer direkt ansvar över landets gränser vilket bidrar till situationens brådskande karaktär.
Kompromiss, ensamvarg eller avgång – det är de fyra alternativen
Krisen baserar sig på en plan Seehofer försökte lägga fram i tisdags. Inrikesministern presenterade en plan på 63 punkter. Merkel motsatte sig en punkt som gällde att stoppa invandrare vid Tysklands gränser.
Argumentet från Merkels sida är att det inte är förenligt med EU-överenskommelser och därför skulle vara mycket svårt att genomföra.
Det första alternativet alltså en av de kompromisser som CDU lade fram redan i onsdags.
Partiet kom då med två reviderade förslagsversioner, bägge hade kvar den av Merkel refuserade punkten och bägge kompromisserna avvisades av förbundskanslern.
EU håller toppmöte inom ett par veckor och Merkels huvudsakliga mål anses nu vara att hålla ut tills det.
Toppmötet som hålls i juni skall behandla flyktingpolitiken i hela unionen. Tyskland väntas tala för en överenskommelse där inget land skall kunna ducka sitt ansvar och helt neka flyktingar.
Det andra alternativet är att Seehofer gör som han vill. Han har den nödvändiga auktoriteten för att införa de föreslagna förändringarna.
Politiker inom CSU har sagt till journalister att Merkel måste fatta ett beslut för måndag. Situationen tillspetsas ytterligare av Merkels konstitutionella rätt att avslå lagen.
Det tredje och det fjärde alternativet är att antingen Seehofer eller Merkel avgår eller avsätts.
Ifall de två partiledarna ställs mot varandra i en regelrätt maktkamp trumfar förbundskanslern inrikesministern och Seehofer kan helt enkelt få sparken.
En brytning mellan partierna har dock mer långtgående konsekvenser och skulle kunna splittra hela koalitionsregeringen. En splittring skulle av allt att döma betyda slutet för förbundet mellan CDU och CSU.
Det sista alternativet är att Merkel provar sitt stöd i Förbundsdagen. Detta skulle betyda att testa lojaliteten från det egna blocket och stödet från andra partier.
Som det ser ut nu har Merkel ett gott stöd från det socialdemokratiska partiet och CDUs exekutiva kommitté har sagt att de helt och hållet står bakom förbundskanslern.
Det är ändå en stor risk att gå till förbundsdagen, förlorar Merkel måste hon stiga åt sidan och det blir nyval.
Källa: Deutsche Welle, Reuters, Yle
